接下来的时间里，玄天将白虎派给杜如晦，杜如晦带着他来到了秦王府内，开始处理日常事务，加上他也感觉到，今日的气氛紧张。
六月初三，太白金星再次在白天出现、李世民幕僚之一长孙无忌空正南方的午位。傅奕秘密上奏道：“金星出现在秦地的分野上，这是秦王应当拥有天下的征兆。”
高祖将傅奕的密奏给秦王世民看。于是李世民乘机秘密上奏父皇，告发李建成和李元吉与后宫的嫔妃yín • luàn ，而且说：“儿臣丝毫没有对不起皇兄和皇弟，现在他们却打算杀死儿臣，这简直就像要替王世充和窦建德报仇。如今我快要含冤而死，永远地离开父皇，魂魄归于黄泉，如果见到王世充诸贼，实在感到羞耻！”
高祖望着李世民，惊讶不已，回答道：“明天朕就审问此事，你应该及早前来参见朕。”
张婕妤暗中得知了李世民密奏的大意，急忙告诉李建成。李建成将李元吉召来商议此事，李元吉说：“我们应当管好东宫和齐王府中的士兵，托称有病不去上朝，以便观察形势。”
李建成道：“宫中的军队防备已很严密了，我与皇弟应当入朝参见，亲自打听消息。”于是二人决定先入大内皇宫问高祖表态。不料在宫城北门玄武门执行禁卫总领常何本是太子亲信，却被李世民策反，因此宫中卫队已经倒向秦王，李建成和李元吉却不知道，还以为宫中都还是自己人。
武德九年六月初四，李世民率领长孙无忌、尉迟恭、侯君集、张公谨、刘师立、公孙武达、独孤彦云、杜君绰、郑仁泰、李孟尝、房玄龄、杜如晦、宇文士及、高士廉、侯君集、程知节、段志玄、屈突通、张士贵等人入朝，并在玄武门埋下伏兵。
李建成、李元吉二人不知底细，也一起入朝，骑马奔向玄武门。此时，高祖已经将裴寂、萧瑀、陈叔达、封德彝、裴矩、杜淹等人召集前来，准备查验这件事情了。