可是若是平常年份或者是王朝末期，那漕运就是茅厕里的破石头，没人看没人问，虽说平常时候多少能有一些油水，但是跟一省大员比起来还是差了很多，没事也就没人找你，天天就看着长江，京杭大运河，黄河的水面上船只来来往往，也没什么事情做，有时候漕运衙门会在江上设卡，拦截过往的船只，要他们交过路钱，这样一来，漕运衙门又被文人百姓们骂的体无完肤。要是王朝的末年，那漕运衙门更是属于五军都督府一样的闲置衙门，水面上盗匪横行，谁还买你漕运衙门的帐，而且无一例外的，一到王朝的末年漕运一定是瘫痪。哪里还会有人关心漕运衙门的事情。
就比如现在，崇祯这才想起来，漕运总督好像是新建伯王先通。这可是王守仁的后人，因为漕运总督需要由勋爵担任，所以这个职位便给了王先通，不过王先通这个漕运总督当起来可是真憋屈，天启年间那是魏忠贤一家独大，江河之上都是魏忠贤爪牙的天下，哪里还有漕运衙门什么事情，结果漕运衙门愈发的破败，人员不断的裁汰，说起来漕运总督秩比总兵官，所以也有漕运总兵的说法，可是实际上，王先通那真是狗屁不是，没人理他。到了魏忠贤完蛋，好像天下政治就要清明的时候，朝廷一纸文书，为了彻底杜绝未来有阉党控制漕运的情况，漕运进行分段管理，由江河经过的各布政使司共管，相互监督，名义上归漕运衙门总管。这就跟五军都督府是同样的性质，听起来好像挺大气，但实际上，五军都督府已经沦为了兵部的跟班，要不然成康也不会在五军都督府混日子了。现在王先通的局面就跟当时的成康差不多。而孙承宗所说的漕运协同，就是王先通的副手，级别相当于副总兵，但也仅仅是级别相当于副总兵而已，连王先通都没有实权，那协同能有什么实权？本来漕运总督下面有两个协同，各自分领一个参将营，也就是漕运总督相当于一个下辖一万两千兵力的小总兵。可是因为天启年间漕运荒废，如今王先通几乎就是光杆总督，麾下一个协同也没有，兵丁只有区区一两千人。漕运衙门设在淮安，所以在王先通看来，这黄河已经是真空地带，没有漕运衙门的一点势力，长江上游和中游也基本和他没关系了，最多也就是能管管京杭大运河在淮安附近的段落，还有长江的下游，但是实际上他谁也管不了，长江下游这么多府，都是听南直隶六部调遣，谁理你漕运衙门。
所以当孙承宗提议让刘毅升一级成为副总兵衔的漕运协同的时候，崇祯甚至觉得真要是这么做了是不是会引起刘毅的强烈反弹，毕竟士可杀不可辱，这么大的军功竟然做了个漕运协同，这不是在侮辱他吗？万一刘毅暴怒，做出什么不理智的举动怎么办？周延儒和温体仁也是愣住，孙承宗是不是老糊涂了，这是要做什么，这个官给刘毅还不如不给，就算他新军有水师，可是你不给他在南直隶兵部谋职，竟然搞出个什么漕运衙门，试问，漕运衙门难道还能跳过朝廷的管辖，这种边缘化的部门，去了跟没去一样。这孙承宗是什么路数。
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