入夏之后, 东南沿海捷报频传。四月，闽浙送来军报，朱纨率兵由海门进军，攻克倭寇巢穴双屿港, 活捉倭人首领稽天及海盗许栋。
朱纨在奏折中说, 许栋本是大明人, 为走私资财和倭寇勾结。他纠集了一批游民占据双屿, 造双桅大船运载违禁货物，甚至在船上配备了武装火器，见了朝廷军都敢开火, 拒不停岸接受朝廷检查。许栋自己造船，同样给外来船只提供港口, 岛上来往之人皆说倭语、西洋语，俨然一个dú • lì 王国。
大明有海禁，许栋这种行为不止触犯海禁，更是公然挑衅朝廷军威。皇帝准许了朱纨的请求, 准他在市口将稽天、许栋公开斩首，并在双屿筑塞，盘查来往船只, 堵击倭寇。
双屿大捷后，战报不断传来, 每次都是小胜、大捷。朱纨请命讨伐温、盘、南麂诸贼，调动浙中卫所，连战三月, 上报大破敌军, 平息处州矿盗。九月, 朱纨在捷报中称佛郎机人到诏安抢劫, 他生擒佛郎机国王三名，倭王一名，并逮捕了给外人引路的海盗九十六人，尽数诛杀于市。
佛郎机人是大明对西洋人的统称，这些人金发碧眼，高眉深目，和中原人长相迥异。朱纨在折子中大骂沿海有内奸，他斩首佛郎机人时，许多势豪之家替西洋人求情，甚至大批官僚都出面做说客。
朱纨甚至将矛头直指中央，说当地豪强和倭寇勾结走私，获得大批资财，送给京城出身闽、浙的官员，让他们帮忙遮掩，沿海倭寇这才屡禁不止。倭寇之乱，实则是内祸。
朱纨的奏折可谓一石激起千层浪，江浙可是科举大省，全朝一半以上的进士都出身东南。像约好了一样，京城和浙闽的弹劾折子一起飞来，霎间淹没了朱纨的战报。
当地御史、巡视、知府纷纷上报，说朱纨贪功冒进，谎报军情，他夸大战绩，瞒报明军死亡人数，只报胜仗不报败仗，而且在征讨双屿时，他还没有攻下港口，就已经写奏折说大获全胜。实际上，在三天之后，海军才真正登上双屿。
京城中御史也弹劾朱纨擅自杀戮，佛郎机人毕竟是异国人，朱纨没有请示朝廷就将人斩首，委实是藐视朝廷，擅权自傲。
一时说什么的都有，皇帝案前全是弹劾奏折，替朱纨说话的声音微乎其微，只有朱纨慷慨激昂地替自己辩护。舆论完全一边倒，皇帝也分不清到底是朱纨谎报军情还是闽浙官僚集团看不惯朱纨。皇帝只能暂时免去朱纨的官职，命令兵科都给事中杜汝祯去诏安考察审问。
年底，杜汝祯回来，说诏安那件事原来是小贩做生意，不知怎么被朱纨打成勾结倭寇。但凡被朱纨认定成勾结倭寇的人，无论缘由，统统都会被杀掉。小贩因此拒捕，得罪了朱纨，其实压根没有抢劫一事，那些佛郎机人完全是误杀。
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