接着就是双线叙述，一边是锡安保卫战，志士们各尽其能，其中包括谎报年龄的十六岁少年和英雄家庭的兹。另一边是尼奥和崔尼蒂按照尼奥的预感，深入机器的城市，途中拜恩出现，和他的战斗中，尼奥眼睛瞎了，断灭了最后的感官欺骗，但他却能用心感受到眼前的东西。和众多机器水母的战斗中，崔尼蒂越过黑云看到了太阳，却在逻各斯号到达机器核心的时候，死于机器水母的进攻。锡安的战斗到了最后的关头，人类所有的抵抗方式都用尽，已经准备舍身成仁了。
尼奥和机器展开了谈判，要求机器和人类和解，而他将制服史密斯，还两个天地一个太平。在谈判达成的一刻，机器的进攻停止了，墨菲斯知道尼奥成功了，率先放下了武器。
雷雨中，尼奥展开了和史密斯的战斗，这是一个史密斯的世界，作为他对立面的尼奥显然不可能是他的对手，在战斗的最后关头，先知在史密斯体内显灵了，说，“任何事都得有始有终”，尼奥在这一刻悟到了其中玄机，将自己送给史密斯。当史密斯完成了对尼奥的入侵，湮灭就这样到来了，光芒中，两个世界都恢复了平静，机器和人类的共生终于获得了和平。
如果仅仅把《黑客帝国》系列当作特技和神话，难免偏颇，这个故事必须是这样的结局，没有巧合和戏剧，因为“勺子本不存在”，这个故事其实写的是人类的真实历史，而不是好莱坞似的不能实现的梦想。从自然科学的角度上讲，任何封闭系统都用尽它的秩序（低熵），将走向混沌和混乱（高熵），被人类和机器摧残的地球也不是例外，当地球的资源耗尽，人类和机器的共生是唯一的出路：人高度的秩序的思维能量产生低熵，供机器使用，而机器则提供人类生命的基本需要。
阿西莫夫的《最后的问题》就有类似的前瞻：人最终将抛弃**，靠电脑的帮助建立纯意识的新存在。所以，从这个角度上说，人类的**如果必须在母体塔中渡过一生，只要他们知道真相，并且愿意这样做，他们就依旧是自由的。母体和锡安的彻底和平，正是给了人类以自由选择的机会，是要虚幻的快乐还是要真实的荒漠，他们可以自由选择，彼此尊重这种选择，这才是真正的自由。和这种自由比起来，老版本的锡安总是要把所有的人都放到荒芜的地球上，这其实和母体对人的奴役本质上并无区别。
从天地大道上来理解，崔尼蒂的死也是必然。她代表的是西方的基督教文明，是一种二元对立，“不是东风压倒西风，就是西风压倒东风”的力量，这种力量只能造成机器和人的玉石俱焚，她选择听从尼奥，不是出于她的世界观，而是出于爱情。建立在爱的基础上的基督教，如果从佛教的观点来看是不全面的，是“有漏”的，“有漏皆苦”，她最后必定要用自己的生命来承担这种苦果，所以她走不到最后一步。尼奥也必须抛开爱情的力量，怀着对天下的慈悲，容天下难容之事——史密斯，这才能笑天下可笑之人——那些眼巴巴等着人类征服机器的观众。看看他们乘的船吧，逻各斯号，就是逻辑，是希腊文明最辉煌的成果，就这样，一个西方和华人的混血儿，在希腊和基督教两大文明的帮助下，走到了这个世界最核心的智慧——和解。
本章未完，请点击下一页继续阅读