值得一提的是以往的圣杯战争魔术师协会都会派出一名代表来争夺圣杯，但在第三次圣杯战争后，时钟塔就放弃了争夺圣杯。而肯尼斯参加圣杯战争，又逃回来后倒是在时钟塔引起了不小的波动。黄发少年也隐晦的表达了整个时钟塔上下都对肯尼思有着很大的不满。
而时钟塔通过部门的不同最高的掌权者除了隐世不出的部长外，分为了12个君主，分别掌握不同的学科与派系。
掌管法证科的巴瑟梅罗家族，而且现任的族长还担任着院长辅佐。是立于时钟塔顶尖的家族。
掌管着创造科的巴鲁叶雷塔家族，现任的族长是一位70多岁的女中豪杰，而且貌似与第五魔法的掌握者有着一定的联系。
掌管着降灵科的尤利菲斯家族，并且下一任的族长是肯尼斯的未婚妻索拉·娜泽莱·索非亚莉的兄长。
掌管着矿石科的埃尔梅罗家族，是时钟塔财力的主要提供者。当代的家主正是在整个时钟塔都数一数二的色位魔术师肯尼斯·埃尔梅罗·阿奇博尔德。
掌管着动物科的盖乌斯令家族，不过最近都没有发生过什么太大的事件，很没有存在感。不过根据小黄毛的猜测，这个学科好像已经成了巴瑟梅罗家族的傀儡。
掌管着传承科的布里西桑家族，据说是所罗门的传人，不过在现在的党派斗争中并不站队，是典型的中立派。
掌管着植物科的阿切洛特家族，不过在时钟塔的评分很不好，据说还有沾染普通人类世界军火生意的黑历史。基本没有哪个家族愿意和它接触。
掌管天体科的阿尼姆斯菲亚家族，现任君主是马里斯比利·阿尼姆斯菲亚，是个无比神秘的家伙。
剩下的，还有掌管着全体基础科的特兰贝里奥家族，个体基础科的索罗尼亚家族，诅咒科的吉古马列家族，考古学科的梅亚斯提亚家族。最后就是现代魔术科，它只是一个新兴学科，为了向外界表达时钟塔是追求新兴魔术而设立的学科，直到现在都还没有一个明确的君主来掌管这个学科，甚至整个学院都只有一两个老师。
但即使是各大家族互相看不顺眼，十二家族还是形成了三个最基本的派系。
以巴瑟梅罗为首，包括埃尔梅罗派、尤利菲斯派、阿尼姆斯菲亚派、盖乌斯令派。认为时钟塔的运营应该是交给优秀的贵族血统的传统贵族派。
以特兰贝里奥为中心，包括了另一大贵族巴鲁叶雷塔，以及艾德费尔特。认为就算血统不尽如人意，也该多多任用有才能的年轻人的民主主义派。
以及以梅亚斯提亚为代表，包括布里西桑派、吉古马列派。只在乎研究其他都随便的中立派。
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